Se ho capito la domanda:
Mettiamo che hai appena iniziato un progetto in B4A.
Quando aggiungi un nuovo modulo, ricordati di salvarlo nel parent folder.
Chiuso B4A e avviato B4i, i moduli che hai già scritto sotto B4A e salvato nel parent folder li aggiungi facendo attenzione di inserirli come link.
In questo modo, ogni modifica che fai al singolo modulo con B4A te la ritrovi quando apri il progetto con B4i e viceversa.
Per il resto mi pare di aver inteso che sai già come fare in modo che alcune righe si applichino solo sotto B4A e/o sotto B4i (e quindi anche sotto B4J).
Poi, magari, passa qualcuno che ne sa più di me e mi corregge.