Pues así de primeras, la manera habitual de utilizar más de un Layout es por ejemplo si tu aplicación soporta modo vertical y apaisado.
El activity sigue siendo el mismo, pero el layaut cambia.
Traducido a VB... si giras el telefono, sigues usando el mismo form (activity) pero cambias los elementos de sitio (layout) con lo que te evitas programar ni una sola linea, puesto que todo funciona igual... pero en distinto sitio.
Amplio: Otra forma muy común de usar varios layauts es cuando adaptamos nuestra aplicación para que funcione en pantallas diferentes, es decir, un fallo muy común es pensar que todos tienen mi Samsung Galaxy S y diseñar las pantallas para mi terminal... todo queda perfecto. Peeeeeeeeeero, ahora llega un pobre chavalito que tiene un HTC Wildfire y descubre que tu pedazo de aplicación es una mieeeerda como un piano, por que NO LE ENTRA NADA EN PANTALLA!!!
Solución, Layout para 480x800x1.5 para Galaxy y similares y Layout para 240x320x1 del Wildfire o similares, con lo que ese chavalito que antes no veia nada, ahora está flipando con tu aplicación