Secondo me usare Arduino è una buona idea, devi però trovare il sistema di simulare il potenziometro che va a regolare la velocità del trapano.
Se devi fare una cosa lineare la cosa è un po' più difficile, ma se invece ti è sufficiente una cosa più semplice puoi realizzarlo senza tanta fatica.
Facciamo un esempio: devi trovare una scheda elettronica che ti permetta (tramite un potenziometro) di regolare la velocità del trapano.
Diciamo che il potenzionetro collegato alla scheda con due fili sia (ad esempio) di 120 kilo ohm.
Diciamo anche che ci basta avere 10 velocità diverse, per cui basta prendere 10 resistenze da 12 kilo ohm e collegarle tutte insieme.
Usando 10 uscite di arduino andremo a comandare 10 transistor che serviranno per cortocircuitare le 10 resistenze (meglio ancora usando dei fotoaccoppiatori)
Se nessuna resistenza viene cortocircuitata il trapano sarà fermo, mano a mano che andremo a cortocircuitare le resistenze aumenterà la velocità del trapano perchè sarà come girare il potenziometro.
Se il trapano ha già la rotellina (ma è un potenziometro oppure ha delle posizioni fisse ??) puoi agire facilmente direttamente sulla connessione della rotellina