perdona, pero yo no veo el problema. tienes 2 versiones, escoges un icono para cada una, guardas la app a disco, y ya está. cuando abres una version para compilar, el icono idoneo está ya configurado. cuando abres la otra version, su icono ya está configurado. el icono para una app se escoge en la IDE. no tienes que escoger un incono cada vez que compilas. 2 versiones = 2 applicaciones. son distintas; cada una tiene su propio icono. ahora, si solo tenias una version que querias compartir entre clientes, entonces sí seria aburrido cambiar el icono cada vez. tu caso es distinto; las apps son distintas. al menos segun dices.