Para subirla a Google Play el #VersionCode tiene que ser diferente. En cuanto al otro no estoy seguro, pero lo normal es que tambien sea diferente (creo que funciona más como una "etiqueta" descriptora de la versión, pero se puede poner cualquier cosa).
No sé si comprendo muy ben lo del instalador nuevo. Si el nombre del apk es el mismo, todo lo nuevo que subas a google play será una "actualización" de la app (siempre que el VersionCode sea mayor que el anterior, si no no lo acepta). Cuando lo instalas directamente a tu dispositivo mientras compilas y haces pruebas, no es necesario ir cambiando estos valores.
En todo caso, si te interesa mantener una versión "antigua" a la vez que la nueva, debes cambiar el nombre del apk así te mantendrá el antiguo como uno diferente (es lo que pasa con muchos ejemplos del foro, aunque el nombre de la app y version puede ser cualquiera, el apk se llama "b4a.example" y cuando instalas uno lo hace encima del anterior)