Hola Edwar, ahora entiendo lo que quieres hacer...lo veo bastante complicado si es que se puede hacer. Quizás lo mejor sería optar por otras alternativas. La de usar un Activity transparente es una de ellas, no te permite interactuar con el launcher, por eso, porque hay una activity por medio que aunque sea transparente, pero está ahí.
¿Realmente necesitas que el usuario interactúe con el launcher mientras usa esas ventanas?
También podrías usar widgets.
O el launcher propio como pones en el último post, parece buena idea.
Lamento no poder ayudarte nada más que con sugerencias, espero que lo resuelvas pronto. Un saludo.