Hola:
Detener los flujos de aplicaciones no es recomendable, por que para eso tendrias que entrar en un bucle esperando, y dependiendo del código se te puede bloquear la aplicación, interrumpir algunos eventos, etc.
Puedes solucionarlo de varias formas:
Crear un servicio que se llame cada x tiempo y que mire una variable global y dependiendo del valor de esa variable llame al sub que te interese una vez finalizada esa función.
Lo mismo que la anterior pero con un timer, dependerá si el activity que llamas a la función no va a Pause
Si la función la has echo tu por código, cuando acabe esta llamas a un evento, de esa forma no tienes que esperar
Saludos