Ciao Luca,
intendevo la seconda cosa: Diversi progetti nello stesso server e librerie condivise.
Dalle prove che ho fatto credo di aver risolto creando la cartella libs e buttando dentro le varie librerie usate, tipo:
FOLDER_PROGETTO:
-> libs:
-> ->tutti_i_jar_necessari.jar
-> applicativo.jar
Ho fatto solo la prova con le librerie native di B4J e non con altre tipo quelle per la connessione db mysql o sqlserver... spero funzioni. Proverò