Aplicaciones web tipo CRM, ERPs , etc
B4J permite crear aplicaciones web, JSERVER
CRUDS complejos, con maestro-detalle, etc
Si, 100%, tu creas tus queries tan complejas como tu quieras JDBC
Informes customizados en PDF
Hay librerias que se especializan en esto, son de tipo canva (vas dibujando y escribiendo en un lienzo en blanco) PDFJET
Exportación-importacion de datos (excel, csv, txt, etc)
Todo eso hay, Apache POI, StringUtils, etc.
Hay varios ejemplos aunque no tengo uno en mente
Integración con librerias javascript externas
Me imagino que te piensas algo como bootstrap? si puedes integrarla, no vas a tener ningun problema.
ambien quisiera saber en que "lenguaje compilar" al deployar un desarrollo hecho en R4x
No entiendo la pregunta, pero es B4x,
B4x es un transpilador: en Android, Escritorio y Web, transpila a java y en ios transpila a Objective C.
el 99% de tu codigo sera B4x, solo en casos muy especificos tal vez tengas que usar otras lenguajes. (claro, esto es independiente de javascript)