Il mio consiglio è quello di scegliere la distro che conosci meglio. Io ho sempre utilizzato Ubuntu, ma seguendo il consiglio di un sistemista che stimo molto ho scelto CentOS7 ed ora devo, praticamente, cercare tutti i comandi su Internet perchè sono un bel po' differenti. Si fa, niente di clamoroso, ma prima di gestirlo con naturalezza un po' di tempo passa (soprattutto utilizzandolo una volta ogni tanto...).