ho provato anche io a stampare un codice a barre "invertito" e anche quello che uso io non lo vede, per cui credo l'unica soluzione sia proprio quella proposta da Luca.
Devi gestire la tua telecamera e continuare a salvare l'immagine su di una bitmap, dove andrai poi ad invertire il bianco con il nero, per poi passarla ad una libreria che analizza l'immagine e ti ritorna il codice a barre, è un po' laborioso ma comunque fattibile, non ci sono grosse difficoltà.