Lo ejecutaste de esta manera java -jar tuprograma.jar ?
Gracias por responder Don Oso, lo intentaba hacer rodar con doble clic. Pero ya lo he solucionado.
Seguí paso a paso las instrucciones de instalación de B4J y creo que me dejé algo sin hacer, o mejor dicho, no configuré bien la ruta de javac.exe.
El caso es que todo funcionaba perfectamente hasta que he empezado a compilar para ir probando el rendimiento de las diferentes partes del programa.
Pongo como tenía la ruta antes de javac.exe
c:\java\jdk-11.0.1\bin\javac.exe
Y con la que ahora si se ejecuta tanto el .jar como el .exe obtenido del .jar
c:\Program Files\Java\jdk1.8.0_211\bin\javac.exe
Tengo demasiado por aprender.
Gracias por la ayuda.
Saludos.