Difficile capire il problema, senza vedere il codice.
Prima di ExitApplication devi chiudere tutte le Activity e servizi. Secondo me, se l'app è chiusa definitivamente, non può mai ripartire da un'activity diversa dalla Main (a meno che non stai usando la nuova versione, con il servizio Starter).
It's hard to find the problem without see your code.
Before calling ExitApplication, you should close all the Activities and Services. I think that, if an an app is definitively closed it can not restart from other that Main (if you don't use the new version, with Starter Service).